会通河自阳谷县张秋镇入聊城境内，流经该县的阿城、七级等镇，而后通过李海务流入东昌府区，再由其境内的梁水镇流出进入临清，经过临清境内的魏湾镇、戴湾镇和城区，最终汇入卫河。其全长共97.5公里，其中阳谷段29.75公里；东昌府区段33.25公里；临清段34.5公里。

　　阳谷段

　　阳谷段运河全长29.75公里，流经其辖区内张秋、阿城以及七级镇。三镇内的遗产点也有很多，如张秋的山西会馆；阿城的海会寺和运寺会馆；七级的骨古街和七级渡口。

　　聊城段

　　会通河在聊城城区主要集中在东昌府区，全长33.25公里。其中最具代表性的遗产点是山陕会馆，该会馆位于东昌府的南部，运河西岸，是清代聊城商业繁荣的缩影和见证。虽然整个建筑群已经褪色，但走近细看仍能看出当年财大气粗之显赫。

　　临清段

　　临清运河钞关、鳌头矶两处可谓因运河而生，因运河而繁荣。

　　鳌头矶位于市中区会通河分叉处，西有卫运河，北有元代运河，南有明代运河，这块四面环水的古城区，被称为“中州”。在中州中会通河两支分叉处最高，状如鳌头，被称为鳌头矶。

　　临清运河钞关是全国唯一的一处钞关旧址。钞关是明清时期，政府在内河航线上设立的征收船税的机构，创始于明宣德四年(1429年)，明朝规定在南北两京之间的运河沿线，分为五段─—南京到淮安、淮安到徐州、徐州到济宁、济宁到临清、临清到通州进行收税。